Vào những năm 1990 cồn bắt đầu nổi lên, một số hộ dân chủ yếu từ xã Bình Thới và Định Trung đã đến định cư và canh tác.[2]

Ngày 10 tháng 12 năm 1998, Ủy ban nhân dân tỉnh Bến Tre ra Quyết định số 2030/QĐ-UB, giao cồn cho huyện Bình Đại quản lý và có kế hoạch khai thác sử dụng. Quyết định ghi:[2]

"Cồn mới nổi trên sông Cửa Đại có diện tích 200 ha từ Rạch Cả Nhỏ xã Định Trung, cách bờ khoảng 450m đến Rạch Bến Đình xã Bình Thới, cách bờ khoảng 750m. Giao cho Ủy ban nhân dân huyện Bình Đại quản lý, có dự án khai thác đưa vào sử dụng theo qui hoạch và quy định của pháp luật".

Từ năm 1998, Ủy ban nhân dân tỉnh Bến Tre đã giao cồn cho huyện Bình Đại quản lý. Ủy ban nhân dân huyện đã giao cồn cho 2 xã là xã Bình Thới và xã Định Trung quản lý, sử dụng.[2]

Năm 2016, Tập đoàn Điện lực Việt Nam tiến hành khảo sát 2 huyện Bình Đại và Ba Tri để đầu tư nhà máy điện mặt trời, sau cuộc khảo sát, đại diện Tập đoàn Điện lực Việt Nam cho biết vị trí cồn Thới Trung là địa điểm thuận lợi nhất do gần vị trí đấu nối điện cách trạm 110kV Bình Đại khoảng 3km. Hiện trạng đất do Nhà nước trực tiếp quản lý nên sẽ bớt khó khăn với vấn đề giải tỏa, nhưng chưa tiến hành vì cần phân định chủ quyền quản lý thuộc Tiền Giang hay Bến Tre.[6]

Tháng 11 năm 2016, Đoàn công tác Sở Nội vụ, Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Bến Tre và Tiền Giang phối hợp với UBND huyện Bình Đại tiến hành khảo sát thực địa, hiệp thương thống nhất đường địa giới hành chính cấp tỉnh tại khu vực cù lao này.[5]

Theo Báo cáo số 129/BC-UBND của Ủy ban nhân dân xã Định Trung ngày 6 tháng 5 năm 2015 về tình hình đất Cồn nổi Thới Trung và Báo cáo số 241/BC-UBND của Ủy ban nhân dân xã Định Trung, ngày 12 tháng 6 năm 2017 về việc điều tra tình hình sử dụng đất tại Cồn Thới Trung, có 15 hộ dân đang quản lý sử dụng với 94 nhân khẩu thì phần lớn các hộ dân đều có nguyện vọng phần Cồn Thới Trung giao về cho tỉnh Bến Tre quản lý, vì đa số người dân sinh sống trên Cồn đều là người dân Bến Tre. Đồng thời, các hộ dân này đều có đất và nhà trên địa bàn huyện Bình Đại. Do đó, theo Thạc sĩ Phan Văn Thuận và Thạc sĩ Nguyễn Thị Thùy Giao thì việc liên hệ giải quyết các giấy tờ liên quan đến thủ tục hành chính và sinh hoạt sẽ thuận tiện hơn.[2]